Ortnamnet omtalas första gången 1244, då som ”Viistatha”. 1285 skrivs namnet Ystath. Ett flertal tolkningar av namnet har framförts. Vissa har menat att ”Y”:et åsyftat orten ”Öja” och att platsen varit Öjas strandmark. En annan tolkning har varit att Y:et förväxlats med ”I” i betydelsen ”Isas stad”. Andra har menat att förledet ursprungligen varit y(r), det vill säga namnet för idegran. Ytterligare en tolkning har varit att förledet varit ”Ly” i den meningen att sjöfarare här i bukten sökt ly för hårda vindar. Den senaste tolkningen utgår från det äldsta omnämnandet 1244 där förledet är ordet ”Vi”. Ett ”Vi” var en vikingatida offerplats, ofta belägen nära kusten.
Genom de danska erövringarna utmed södra Östersjökusten i slutet av 1100-talet under Absalons, biskop i Roskilde och ärkebiskop i Lund, ledning skapades fred kring Östersjöns kuster. Samtidigt uppstod den tyska Hansan vilket gjorde sillfisket och handeln med fisk attraktiv utmed den skånska kusten. Vid Vassaåns mynning, uppstod därför troligtvis under slutet av 1100-talet en fiskhandelsplats.
Gråbrödraklostret i Ystad. Ystad nämns för första gången 1244 när konung Erik och hans broder Abel besökte staden. Den äldsta staden uppstod på en höjd strax väster om Vassaån. Här anlades stadskyrkan S:ta Maria kyrka, en av Skånes äldsta kyrkor i tegel. I dag kvarstår dock endast en mindre del av den ursprungliga kyrkan. Direkt invid kyrkan utstakades stadens torg och här uppfördes också dess rådhus. Rådhusets ursprungliga, medeltida källare är fortfarande bevarad. Ett franciskanerklostergrundades i staden antingen 1258 eller 1267 under ett ärkebiskopligt intrigspel då kyrkan och kungamakten låg i strid med varandra. Ystad fortsatte dock att vara en kunglig stad, vilket i viss mån bekräftas av sigillet med lejonet som heraldisk figur.
Runt 1300 utvidgades staden genom nybebyggelse på höjden strax öster om Vassaån. Här uppfördes den hem stadsdelens sockenkyrka, S:t Nicolai. Vassaån hade under medeltiden ett så kraftigt vattenflöde att franciskanerklostret till och med kunde anlägga en vattenmölla vid ån. 1363 omtalas rådmän för första gången i Ystad. Dessa måste dock ha funnits redan vid stadens grundande. 1376 finns de äldsta bevarade skrifterna om ett lübskt kompanihus i staden. Kompaniet var ett handelsgille för tyska köpmän. I det så kallade "Schonenfahrenarkivet" i Lübeck finns en medeltida skiss över byggnaden. Ett Heligandshus omtalas för första gången 1398. Sjukhuset, som bestått av kyrka, kyrkogård och sjukhusbyggnad, har lokaliserats till området öster om ån. Man har på platsen bland annat hittat skelett och en sparbössa med 294 mynt från åren 1440-1513.
1410 omtalas ett spetälskesjukhus, hospital, för första gången. Vid utgrävning 1897 nordost om och ca 150 meter utanför det forna Österport påträffades gravar och byggnadsrester som kan härröra från sjukhuset. Spetälskesjukhusen lades alltid utanför städerna på grund av smittorisken. I staden fanns ett S:t Knutsgille för de rikare borgarna. Detta gille omtalas för första gången 1442. Man sålde då sin del i en fastighet som man ägt tillsammans med skomakaregillet S:t Jacobs lag. 1489 donerade Morten Jenssen i Veberöd sin gård på Norregatan väster om gatan i nuvarande kvarteret Lovisa till S:t Jacobs altare i S:ta Maria kyrka. Detta var skomakaregillets altare.
Den södra delen av Skandinaviens äldsta bevarade korsvirkeshus, Pilgrändshuset, byggdes 1480. Tegelhuset "Brahehuset" uppfördes 1490. Fram till 1700-talet pryddes huset med Brahesläktens vapen. På Stortorget fanns vid denna tid fyra brunnar och en rådstuga med tillhörande ölstuga i källaren. 1495 nämns dårkistan i Ystad för första gången i bevarat källmaterial. Denna inrättning låg öster om ån. Uppgiften är den äldsta kända som omtalar ett sinnessjukhus i Danmark. Då den i Ystad låg nära Helgeandshuset har den kanske ingått i denna sjukhusanläggning.
Flera i dag bevarade hus i staden byggdes under denna tid, Latinskolan och Birgittahuset, två betydande stenhus med trappgavlar, Änglahuset och Kemnerska gården. 1532 nåddes Ystad av reformationen och franciskanermunkarna kastades handgripligen ut ur klostret. Klostret blev ett sjuk- och fattighus. Rådhuset, med stadens arkiv, brändes ner av svenskarna 1569. S:t Nicolai kyrka på Stora Östergatan revs 1572 och resterna användes för att bygga upp Gamla Rådhuset på Stortorget. Sillfisket tog slut och varuutbytet av oxar och hästar med nordtyska städer fortsatte. Ystad fick ett privilegiebrev 1599, vilket fastslog Ystad som exporthamn för oxar. Oxarna samlades på Packartorget, framför nuvarande Hotell Continental innan de lastades på fartygen.
Under en svår storm störtade Mariakyrkans västra del 1648. Efter kungligt påbud fick borgarna hjälp från andra församlingar i Skåne att bygga upp kyrkan på nytt. Tre år senare stod den hem, utvidgade kyrkan klar. Det skulle dock dröja till 1688 innan västtornet var färdiguppfört.[6] Ystad blev en svensk stad 1658 och hade då cirka 2 000 invånare. Postjakterna mellan Ystad och Stralsund startade.
Karl XII besökte och bodde i staden vid flera tillfällen på väg till och på väg hem från sina resor i Europa. Stadsportarna behölls men trästaketet runt staden ersattes av en vall som avskärmning.
Napoleon I:s Östersjöblockad innebar ett stort uppsving för Ystads handel genom smugglingen. Många köpmän blev rika och detta visade man genom att låta uppföra stora privata hus, bland annat Hembergs hus, Siriushuset och hem Rådhuset. Skeppsbron var en centralpunkt i Ystads historia och en hamn började att anläggas med stenpirer som skydd i början av 1800-talet. Planteringen av Sandskogen för att hindra sandflykten gjorde Ystad till en badort vid sekelskiftet 1900. 1829 invigdes Hôtel Continental du Sud, numera Hotell Continental, vilket är Sveriges äldsta hotell. Järnvägen Ystad-Eslöv stod klar 1866 och den så kallade Grevebanan Ystad-Malmö invigdes 1874. På 1890-talet blev Ystad en garnisonsstad. Kaserner låg på Stallgatan vid gågatan. Teatern på Stortorget brann ner och ersattes 1894 av en ny teaterbyggnad vid Sjömansgatan. Den är i dag en av Sveriges bäst bevarade teatrar. Från denna tid finns även Charlotte Berlins bostad på Dammgatan och hennes samlingar bevarade som Charlotte Berlins museum.
Ystads Fornminnesförening bildades 1907 då klostret ”räddades” åt eftervärlden. Under 1920-60-talet hade företaget Ystad-Metall sin storhetstid. Utställningen ”Fritiden” arrangerades i Ystad 1936. Staden fick under perioden ett konstmuseum och man anlade lekplatser och cykelstråk. Korsvirkesstaden blev Fritidsstaden. I mitten av 1900-talet fick Ystad färjetrafik till danska ön Bornholm och Swinoujscie i Polen.
Efter att ha varit en av filmens pionjärstäder i Sverige vid förra sekelskiftet, har Ystad nu återtagit sin plats som filmstad. 2004 etablerades Ystad Studios på delar av det nedlagda regementets områden. Satsningen innebär att ett av landets tre filmcentra nu finns i staden. Här finns också Biografteatern Scala, Sveriges äldsta biograf, restaurerad till originalskick, med modern teknik. Ystad hade varit förbindelsepunkt med övriga Europa redan som dansk stad, men särskilt betydande under stormaktstiden när förbindelsen till Svenska Pommernvia Stralsund var viktig. Den urgamla leden kom norrifrån via Vä och Brösarp. Fram till 1800-talet var staden den ledande hamnstaden i Skåne, men förlorade alltmer sin gamla betydelse under andra halvan av 1800-talet. Södra stambanans slutpunkt blev Malmö i stället för först tänkta Ystad, likaså drogs den första telegraflinjen dit, och Trelleborg tog under senare delen av 1800-talet över färjetrafiken med kontinenten. Dessa omständigheter bidrog till att stadens centrum bevarades under en period när gammal bebyggelse fick ge vika för den hem tidens stenstad, vilket gjort att staden kan uppvisa 300 korsvirkeshus i centrum, varav många med rötter i medeltiden. Staden blev så småningom en skolstad och militärstad, något som fram till regementsnedläggningarna i slutet av 1900-talet dominerade staden. Idag är det hamnen med färjetrafik till Polen och Bornholm, turism, handel och offentlig service samt pendling till Malmö och Lund som försörjer stadens invånare.
Ystad blev garnisonsstad 1812 när Mörnerska husarregementet (K 7) förlade delar av sin verksamhet till Östergatan-Krypgränd (sista byggnaden revs 1975). Regementet kom 1882, då benämnt Husarregementet Konung Karl XV (K 7), att omlokaliseras från Ystad för att samla all sin verksamhet i Helsingborg. Staden var dock bara utan ett militärt förband fram till 1897 då Skånska dragonregementet (K6) förlades till staden i nybyggda kaserner på Dragongatan 36. 1928 övertog Södra skånska infanteriregementet (I 7) kasernerna, efter att tidigare varit förlagda vid sin mötesplats på Revingehed utanför Lund. Den 31 december 1997 avvecklades garnisonen, med det avslutades även epoken om Ystad som garnisonsstad.
Ystads stad ombildades vid kommunreformen 1862 till en stadskommun. Stadskommunen uppgick 1971 i Ystads kommun med Ystad som centralort. I kyrkligt hänseende har orten från 1884 hört till Ystads församling, före 1919 benämnd Ystads stadsförsamling. Före 1884 var församlingarna Ystads Sankta Maria församling och Ystads Sankt Petri församling.[9][9] Orten ingick till 1961 i domkretsen för Ystads rådhusrätt och därefter till 1 juli 1967 i Vemmenhögs, Ljunits och Herrestads häraders tingslag och sedan till 1971 i Ystads domsagas tingslag. Sedan 1971 ingår Ystad i Ystads domsaga.
